Noha az FTC a rendszerváltáskor is az ország legnépszerűbb egyesülete volt, a kilencvenes években ugyancsak likviditási gondokkal küszködött minduntalan. A vezetők legfőbb feladata akkoriban szintén a befektető és szponzorkeresgélés volt. Néha sikerrel jártak, bár vagy a dilettantizmus, vagy a friss demokrácia kiskapuin közlekedő befektetők miatt buktak el a megnyugtató helyzet előtt.
Ez történt az erdélyi illetőségű Hargita Kft.-vel, amely 30 millió forintot ajánlott, és a Kelemen Iván nevével fémjelzett Kordax Rt.-vel is, amely évi százmilliót vitt az Üllői útra.
Érdeklődtek külföldi befektetők is, a francia építési vállalkozó, Jean-Claude Bras szeretett volna beleszólni a szakmai munkába, sőt, alapítványi formában működtette volna tovább a futballszakosztályt, amiért annak dacára is elhajtották (korábbi FTC-klasszisok nyílt levélben tiltakoztak a klub kiárusítása ellen), hogy szintén súlyos summát (25 millió Ft.) áldozott volna a zöld-fehérekre.
A gazdátlan egyesület az 1995/96-os szezont azzal a valós veszéllyel kezdte, hogy amennyiben záros határidőn belül nem talál befektetőt, lehúzhatja a rolót (ekkoriban a szakosztály költségvetésének 80 százalékát tették ki a szponzori díjak). Hogy nem húzta le, abban hatalmas szerepe volt annak: az ifjabb Albert Flóriánnal, Lisztes Krisztiánnal, Vincze Ottóval felálló gárda bejutott a svájci frank milliókkal kecsegtető Bajnokok Ligája főtáblájára (ez azóta sem sikerült magyar csapatnak). A szereplésért egyesek szerint megközelítőleg 600, más források szerint 525 millió forintot kasszírozott a csapat, ám a tetemes különbség azon semmit nem változtat, hogy utóbbi összeg is több évi működésre elegendő lett volna. Már amennyiben felelős gazdálkodás folyik, csakhogy a Szívós István vezette klub ahelyett, hogy megerősítette volna a futballcsapatot, bejelentette: a gárda hamarosan csődbe kerülhet. Az FTC 1996 nyarán kapta meg az UEFA-tól a pénzt, 1997 végére mégis 439 millió volt a hiány, az APEH-tartozása pedig további 154 millió.
A klub átvilágítása 1999 elején kezdődött – ekkor már az elnöki szék mellett toporgott az akkori Földművelésügyi miniszter, Torgyán József -, ám a másfél éves vizsgálat eredménytelenül zárult, máig nem tudni, hová lett a pénz. Az Üllői úti székház előtt fehér öltönyben, zöld ingben dekázgatással is próbálkozó politikus egyébként hamar rendet tett a klub gazdálkodásában a minisztériumon keresztül érkező pénzek révén, s csakhamar 200 millióra apadt a néhány hónappal azelőtt még 750 milliósra taksált hiány.
Torgyán 2001. áprilisi távozása után Furulyás János bejelentette: 400 milliós elmaradása van a klubnak, elkerülhetetlennek tetszett tehát a labdarúgó-szekciót működtető társaság értékesítése. Három cég jelentkezett, ám a World Sports Solution-ről kiderült, nem saját pénzét áldozná, az International Media Sports az állam tulajdonában lévő Üllői úti létesítmény iránt érdeklődött, a Csányi Sándor, Demján Sándor, Muszbek Mihály trió közös érdeklődése pedig addig tartott, amíg ki nem derült, hogy az FTC 2,5 milliárdot szeretne kapni az üzletkötés nyomán.
Végül az MTK-t is tulajdonló Várszegi Gábor, illetőleg cége, a Fotex Rt. vásárolta meg a csapatot működtető kft., s a kialkudott 2,4 milliárd forintos vételár első három részletét ki is fizette. Akkor azonban elérkezett 2003. május 30., a magyar labdarúgás legdurvább botránya. A bajnokság utolsó fordulójában a gárda elbukta a bajnoki címet, a feldühödött szurkolók a pályára tódultak, s ütöttek játékost, edzőt, majd „mocskos zsidók!” rigmus kiabálásával támadást indítottak a klubház ellen. Várszegi Gábor kivonult, a kereskedelmi jogokat ellenben megtartotta az üzletember.
Furulyás János megkezdte „hajtóvadászatát” egy új befektetőért, ám csak Kovács Ádámig jutott. A Celladam tulajdonosa azonban csak hitegetett, pénze nem volt. 2005-ben az FTC 238 millió forintos kölcsönt vett fel az OTP-től, hogy a futballcsapat egyáltalán elindulhasson a bajnokságban. A mindinkább válságos helyzetbe kerülő FTC az általa használt, ám az állam tulajdonban lévő hat plusz kéthektáros terület vagyonkezelői jogának értékesítése révén remélt konszolidációt. A Kincstári Vagyoni Igazgatósággal közösen kiírt első pályázat eredménytelen lett, a második mindmáig tart.
Az idén januárban Furulyás János lemondott, utódja, Ináncsy Miklós is tehetetlenül munkálkodott a klub megmentésén.