Nem viseli tovább Johan Béla nevét az Országos Epidemiológiai Központ. Rácz Jenő emellett a magyar közegészségügyet megalapozó professzor szobrának eltávolítására is utasítást adott. A Szent-Györgyi Albert által nagyrabecsült professzor neve a Mazsihisz, s egyes történészek szerint nem méltó arra, hogy közintézmény nevét viselje, mivel 1944-ben a Sztójay-kormány egészségügyi államtitkára volt.
Rácz Jenő egészségügyi miniszter utasítására az Országos Epidemiológiai Központ megválik Johan Béla nevétől. Rácz a Mazsihisz és a Füstirtók Alapítvány követelésének engedve arra is utasította Bujdosó László országos tisztifőorvost, hogy távolíttassa el Johan Béla szobrát az Országos Tisztifőorvosi Hivatal kertjéből.
Az egészségügyi tárca vezetője március 27-én kelt levelében jelezte Feldmájer Péternek, a Mazsihisz elnökének, hogy 2006. május 30-ig elkészül az Országos Epidemiológiai Központ alapító okiratának módosítása, s ” a központ új elnevezésében Johan Béla neve nem szerepelhet”.
A Mazsihisz, s a Füstirtók Alapítvány azt nehezményezte, hogy a magyar közegészségügy egyik kiemelkedő alakja, 1944-ben, a német megszállás alatt működő Sztójay-kormány egészségügyért felelős államtitkára volt. A Mazsihisz állítása szerint szerint a Szent-Györgyi Albert által is nagyrabecsült professzor a harmadik zsidó törvény egyik társszerzője is volt. Történészek egy része viszont rámutat, hogy az egykorii Köjál létrehozásával, valamint a falusi egészségügyi szolgálat megszervezésével és az első magyar penicillinkészítmény bevezetésével elévülhetetlen érdemeket szerzett a magyar közegészségügyben, s méltán viselte nevét 1989-óta az Országos Közegészségügyi Intézet.
Az 1983-ban elhunyt professzor II. világháborús szerepéről teljesen ellentmondó értékelések léteznek: míg egyes történészek a zsidóüldözésekben való bűnrészessége mellett törnek lándzsát, más dokumentumok azt bizonyítják, sok zsidó orvos köszönheti neki életét.
Csehák Judit, a Medgyessy-kormány szocialista egészségügyi minisztere terjesztette be azt a népegészségügyi programot, amelynek névadója Johan Béla lett, amit a parlament 2003-ban négypárti konszenzussal fogadott el. Később azonban szemfüles civil szervezetek kiderítették: a hazai járványügyet megszervező, és politikával egyébként nem foglalkozó Johan a Sztójay-kormány államtitkára volt. A névváltoztatás ügyében 2004-ben néhány SZDSZ-es és MSZP-s politikus önálló indítványt nyújtott be az országgyűlésnek.
A Csehákot váltó Kökény Mihály a Magyar Tudományos Akadémia (MTA) állásfoglalását kérte; a Történettudományi Intézet egy osztályvezetőjének jelentése szerint Johan Béla nevének használata nem kívánatos. Konkrét lépések azonban nem történtek egészen 2006 február 6-ig, mikor az Országgyűlés törölte Johan Béla nevét a népegészségügyi program elnevezéséből, azzal az indoklással, hogy a tudós munkája során konzekvensen végrehajtotta az 1939. évi IV. törvénycikk, az úgynevezett „második zsidótörvény” előírásait a magyar egészségügyben és az orvostársadalomban.
Ugyanakkor Pók Attila történész, állásfoglalását 2004-ben kiadó MTA Történettudományi Intézetének igazgatóhelyettese másfél éve azt nyilatkozta: szakmai teljesítménye alapján Johan Béla, aki megszervezte az Országos Közegészségügyi Intézetet és a tisztiorvosi szolgálatot, „maximálisan alkalmas arra, hogy szakmai körökben a megfelelő elismerést megkapja”, így véleménye szerint „teljesen korrektnek tűnik”, hogy a közegészségügyi intézet udvarán felállították a szakember mellszobrát. Közölte azt is: nem kifogásolható, hogy az Országos Epidemiológiai Központ Johan Béla nevét viseli.
Johan nevének, és érdemeinek elismerésének védelmében áll ki többek között Gógl Árpád, Sisák Imre, Csáky András parlamenti képviselők, Ember István egyetemi tanár, Kertai Pál és Simon Tamás professzorok, Varga Csaba egyetemi docens és Czeizel Endre is.
